门店管理系统的店仓一体化已经成为了业内的趋势，但是在实践中也会面临一些问题。

1、单点故障问题

当店铺和仓库打通后，如果出现系统崩溃，将会导致整个供应链的瘫痪。因此，在门店管理系统设计时需要考虑高可用性，比如通过分布式架构和负载均衡等方式来降低单点故障的概率。

2、数据隔离问题

门店管理系统既要满足店铺端的需求，也要满足仓库端的需求，因此需要将不同的数据进行隔离。同时，还需要实现数据共享，让各个环节都能够获取自己需要的数据，这是一个较为复杂的平衡问题。

3、业务流程协调问题

门店管理系统涉及到的业务流程往往非常复杂，如果不加以协调，就容易出现信息不对称、流程混乱等问题。因此，在门店管理系统设计中需要把握好业务流程，并通过系统来约束和引导业务员的操作规范。

4、IT技术人才问题

门店管理系统需要借助IT技术来实现店铺和仓库的一体化管理，这就需要企业拥有相应的技术人才。但是当前IT行业竞争激烈，能够胜任此项工作的专业人员非常稀缺，因此该问题可能会成为制约店仓一体化发展的重要因素。